中学校は新入学前年に、入学したい区内の新宿区立中学校を選択希望することができます。手続きの用紙（学校選択票）は、原則9月中旬頃に在籍する小学校を通じて配付いたします。ただし、入学後この制度により、学校を選択し直すことはできません。また、特定の学校に希望が集中した場合は、希望者に対して抽選を行います。
なお、小学校の「学校選択制度」については、未就学児の増加や子どもの安全・安心への配慮の高まり、地域との連携による学校づくりなど、時代に対応した教育環境を整備する必要性が高まっていることを踏まえ、平成30年度新入学から廃止となりました。
ただし、指定校を変更せざるを得ない特別な事情がある場合、保護者の方は指定校変更の申立てを行うことができます。
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